Установка¶

Системные требования¶

Рекомендуемые системные требования для функционирования ПО NextGIS Bio включают в себя сервер со следующими характеристиками:

один или два процессора Intel Xeon E5 или AMD Opteron с тактовой частотой не менее 2 ГГц (8 ядер),
оперативную память не менее 8 Гбайт DDR3 ECC Reg,
соответствующая материнская плата для выбранных процессоров со встроенной видеосистемой и сетевым интерфейсом 10/100/1000BaseT,
два накопителя на жестких магнитных дисках емкостью не менее 500 Гбт в RAID1,
оптический накопитель DVD-ROM,
серверный корпус,
манипулятор «мышь»,
клавиатура,
источник бесперебойного питания емкостью не менее 1000 ВА,
монитор LCD 17».

NextGIS Bio должна функционировать под управлением операционной системы семейства Linux (рекомендуется использовать дистрибутивы на базе Debian, например Ubuntu Server > 12.04).

Также можно использовать серверы на хостинге с аналогичными характеристиками по процессору и оперативной памяти. Объем диска зависит от имеющихся геоданных. ОС со всеми библиотеками, включая установленную NextGIS Bio с пустой базой данных занимает не более 10-20 Гб.

Подготовка базы данных¶

Данная инструкция проверена и работает в Ubuntu Server 12.04 LTS и выше. Для установки системы необходим Python 2.7.

Подключить репозиторий ubuntugis (см. поддерживаемые дистрибутивы):

Для ubuntu server 12.04

sudo apt-get install software-properties-common python-software-properties
sudo apt-add-repository ppa:ubuntugis/ppa

Для ubuntu server 14.04

sudo apt-add-repository ppa:ubuntugis/ubuntugis-unstable
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade

Установить PostgreSQL:

sudo apt-get install postgresql

Создаем пользователя:

sudo -u postgres createuser ngbio_admin -P -e

после ввода пароля три раза говорим „n“.

Создаем базу, в которую будет развернута NextGIS Bio:

sudo -u postgres createdb -O ngbio_admin --encoding=UTF8 db_ngbio
sudo nano /etc/postgresql/9.3/main/pg_hba.conf

Отредактируем строку local all all peer и приведём её к виду: local all all md5

Не забудьте перезапустить сервис базы:

sudo service postgresql restart

Установить PostGIS:

sudo apt-cache search postgis

В полученном списке найдите пакет, подходящий для вашей версии PostgreSQL, его имя должно иметь вид postgresql-{version}-postgis-{version} и установите его:

sudo apt-get install postgresql-9.3-postgis-2.1
sudo -u postgres psql -d db_ngbio -c 'CREATE EXTENSION postgis;'
sudo -u postgres psql -d db_ngbio -c 'ALTER TABLE geometry_columns OWNER TO ngbio_admin;'
sudo -u postgres psql -d db_ngbio -c 'ALTER TABLE spatial_ref_sys OWNER TO ngbio_admin;'
sudo -u postgres psql -d db_ngbio -c 'ALTER TABLE geography_columns OWNER TO ngbio_admin;'

После этих операций будут созданы БД PostgreSQL с установленным в ней PostGIS и пользователь БД, который станет ее владельцем, а также таблиц geometry_columns, georgaphy_columns, spatial_ref_sys.

Убедитесь, что функции PostGIS появились в базе:

psql -d db_ngbio -U ngbio_admin -c "SELECT PostGIS_Full_Version();"

Если вы разворачиваете систему на чистом сервере, и вам надо сделать ещё одну базу PostGIS для хранения данных, то включаем доступ к ней из сети

sudo su - postgres
nano /etc/postgresql/9.3/main/pg_hba.conf
делаем строку host    all    all    127.0.0.1/32    md5

nano /etc/postgresql/9.3/main/postgresql.conf
делаем строку listen_addresses='*', и расскоментируем её.

sudo service postgresql restart

Подготовка базового ПО¶

Установить pip:

sudo apt-get install python-pip

Установить virtualenv:

sudo pip install virtualenv

Установить дополнительные инструменты:

sudo apt-get install python-mapscript git libgdal-dev python-dev g++ \
libxml2-dev libxslt1-dev gdal-bin \
texlive-base texlive-binaries texlive-extra-utils texlive-font-utils \
texlive-fonts-recommended texlive-latex-base texlive-generic-recommended \
texlive-latex-extra texlive-pictures texlive-pstricks texlive-lang-cyrillic \
texlive-xetex pandoc

В случае разработки NextGIS Bio может понадобится регистрация ключей. Для большинства случаев ключи генерировать не нужно! Это необходимо при разработке.

Генерируем ключи для работы с GitHub (копируем и вставляем ключ в настройки пользователя GitHub в разделе SSH keys):

mkdir ~/.ssh
cd ~/.ssh
ssh-keygen -t rsa -C "your@email.com"
ssh-add ~/.ssh/id_rsa
cat id_rsa.pub
cd ~

Если включена двух-факторная авторизация, понадобится еще:

Закэшировать пароль
Сгенерировать access token и использовать его вместо пароля

Подготовка к установке NextGIS Bio¶

Создаём необходимые директории:

mkdir -p ~/ngbio
cd ~/ngbio

Клонируем репозиторий:

git clone https://github.com/nextgis/nextgisbio.git

Создаем виртуальное окружение virtualenv в папке ~/ngbio/env (папка создастся сама после выполнения команды):

virtualenv --no-site-packages env

Установка NextGIS Bio¶

Устанавливаем пакет NextGIS Bio в режиме разработки, при этом будут установлены все необходимые пакеты:

env/bin/pip install -e ./nextgisbio

Конфигурационный файл NextGIS Bio¶

Пример конфигурационного файла доступен в репозитории здесь). В этот текстовый файл нужно внести изменения в соответствии со своим окружением. Основное изменение касается строки подключения к базе данных:

sqlalchemy.url = postgresql+psycopg2://{USER_NAME}:{USER_PASSWORD}@0.0.0.0/{DATABASE_NAME}

где вместо {USER_NAME} надо подставить имя пользователя базы данных, {USER_PASSWORD} - пароль пользователя, {DATABASE_NAME} - название базы данных.

Инициализация БД¶

Инициализация БД выполняется следующим образом:

env/bin/initialize_ngbio_db development.ini

Следует отметить, что эта команда удаляет таблицы при их наличии в БД.

Обновление ПО¶

Для обновления NextGIS Bio необходимо выполнить команду:

cd ~/ngbio/nextgisbio
git pull

Если в файле setup.py добавились зависимости, то следует выполнить:

env/bin/pip install -e ./nextgisbio

Если изменилась структура БД то следует выполнить:

# Внимание! Существующие таблицы удалятся!
env/bin/initialize_ngbio_db development.ini

После выполнения команд необходимо перезапустить NextGIS Bio либо перезапуском pserve, либо веб-сервера с модулем uWSGI.